A direção superior dos negócios do Grupo é assegurada pelo Conselho de Administração da Marques SGPS, SA, onde estão presentes os acionistas fundadores do Grupo, Eng.º Primitivo Marques (Presidente) e D.ª Maria Manuela Marques (Vice-Presidente). O terceiro membro deste órgão colegial é o Dr. Pedro Marques, que faz parte da segunda geração da Família e desempenha as funções de Administrador-Delegado.
Em regra, cada empresa constitui uma denominada Unidade de Negócio, cuja gestão operacional é confiada a um Diretor-Geral, que reporta diretamente ao Administrador-Delegado. A estrutura de alta direção do Grupo completa-se com o Diretor-Geral Financeiro e o Coordenador de Serviços Partilhados.
Em cada uma das duas principais áreas de negócio (Construção e Distribuição) funciona uma Comissão Executiva, com funções de coordenação interna e aconselhamento do Administrador-Delegado, da qual fazem parte todos os responsáveis das respetivas unidades de negócio e outros quadros superiores, com funções executivas ou de assessoria.